W celu podniesienia jakości kształcenia w klasach wojskowych w 2015 roku nawiązana została bezpośrednia współpracę z Biurem ds. Proobronnych  Ministerstwa Obrony Narodowej, skutkiem czego w marcu 2016r. odbyła się oficjalna wizytacja przedstawicieli MON w szkole. W wyniku oceny stopnia wyszkolenia kadry i uczniów, a także oceny infrastruktury i wyposażenia szkoły, XXV Liceum Ogólnokształcące znalazło się na II miejscu w rankingu szkół w Polsce prowadzących klasy wojskowe. Efektem współpracy z MON stało się uzyskanie certyfikatu i zakwalifikowanie szkoły w 2017r., jako jedynej z Krakowa i jednej z trzech województwa małopolskiego, do I edycji Pilotażowego Programu Wspierania Szkół Ponadgimnazjalnych Prowadzących Piony Certyfikowanych Wojskowych Klas Mundurowych nadzorowanego przez Ministerstwo Obrony Narodowej. Dzięki realizacji założeń programowych i wspólnych działań dyrektora szkoły i dowódcy 5. Batalionu Dowodzenia uczniowie klas wojskowych XXV LO odbywają szkolenia w warunkach poligonowych, kształcą umiejętności użyteczno-bojowe pod okiem zawodowych żołnierzy, uczestniczą w zajęciach organizowanych przez Wojskową Komendę Uzupełnień w Krakowie, co bezpośrednio przygotowuje ich do przyszłej służby wojskowej i kształtuje ścieżkę kariery zawodowej. Realizacja programu podlega ciągłej kontroli ze strony MON, które wysoko oceniając działania szkoły, wydało decyzję o zakwalifikowaniu XXV LO do II edycji programu oraz w listopadzie 2018 roku podpisana została umowa o  udzieleniu szkole dotacji celowej w kwocie 45 000 zł. na doposażenie szkoły w pomoce dydaktyczne konieczne do realizacji programu edukacja wojskowa.

Zgodnie ze stanowiskiem Ministerstwa Edukacji Narodowej, program nauczania przedmiotu „Edukacja wojskowa” (EW) jest realizowany w ramach działalności innowacyjnej szkoły, przy zastosowaniu obowiązujących rozwiązań prawnych. Program jako innowacja pedagogiczna został włączony do szkolnego zestawu programów nauczania w  szkole, jako przedmiot, dla którego nie została ustalona podstawa programowa, a zajęcia w ramach programu mogą być organizowane jako zajęcia dodatkowe lub uzupełniające.

Przedmiot„Edukacja wojskowa” jest nowatorskim rozwiązaniem programowym, organizacyjnym i metodycznym, poszerzającym ofertę edukacyjną uczniów szkół ponadgimnazjalnych, szczególnie zainteresowanych następującymi zagadnieniami i ścieżkami rozwoju zawodowego:

• zawodowa służba wojskowa,